अपवर्जन:
  बिना रोक टोक के खाद्यान्नों एवं खाद्य पदार्थों का अंतर्राष्ट्रीय एवं अन्तर्राज्य स्तर पर आवागमन से काफी रोगों के प्रसारण में वृद्धि हुई है । इस प्रकार रोगग्रस्त क्षेत्रों से पौधे / वस्तुओं के आने को रोका जा सकता है, जिससे इनके विस्तार क्षेत्र में वृद्धि न हो । सभी देशों में संगरोध व्यवस्था (Quaantine Arrangements) की गई है, इसका पालन सबके हित में है । समय-समय पर इसके लिए विशेष कानून भी बनाए जाते रहें हैं । भारतवर्ष में १९१४ में संगरोध व्यवस्था लागू की गई तथा बाद में आवश्यकता अनुसार संशोधन होते रहे । विश्व में लगभग १५० देश इसका पालन करते हैं । रोग विस्तार के सभी माध्यमों जैसे भूमि, पानी एवं हवा के माध्यम से रोगकारी जीवाणु एक क्षेत्र से दूसरे क्षेत्र में प्रवेश न कर सकें, ऐसा प्रयास किया जाता है ।

उन्मूलन:
  कुछ परिस्थितियों में रोग ग्रसित पौधों का उन्मूलन ही आर्थिक दृष्टि से रोग नियंत्रण का लाभप्रद एवं आसान विधि होती है । इस विधि में ग्रसित क्षेत्र के पौधों या परपोषी फसल को ही नष्ट कर देना आर्थात काटकर जला देना अथवा मिट्टी में दबा देना होता है । फसल की अनुपस्थिति में ये रोगजनक अन्य खरपतवार इत्यादि के पौधे को अपना आश्रय बनाकर रहते है । अतः ऐसे पौधों (परपोषी) को काट कर नष्ट करने से भी इनका जीवन चक्र टूट जाएगा, जिससे नए संक्रमण को रोका जा सकता है । बदरा रोग सामान्यतः धान से पहले सावंक पर रहता है । अतः इन खरपतवारों को नष्ट करने से मूल निवेश द्रव्य की मात्रा में कमी होगी और धान की फसल में होने वाले बदरा रोग के प्रकोप की संभावनएं भी उसी अनुपात में कम होगी । इस प्रकार का प्रबंध भी उन्मूलन कहलाता है ।

फसल-चक्र अपनाने से भी इन रोगजनक जीवधारियों का जीवन चक्र टूटता है तथा रोग की सघनता में सार्थक कमी होती है, क्योंकि प्रत्येक रोग की अपनी विशेष परिस्थितिकी आवश्यकताएं होती है । इस प्रकार मृदा उत्पन्न रोग जीवधारियों पर आसानी से नियंत्रण पाया जा सकता है । खेत की सफाई एवं पहली फसल अवशेषों को नष्ट करना भी इसी ओर पहला कदम है । तनागलन ग्रसित फसल के अवशेषों को जलाना इसी विधि में आता है, इससे रोग संक्रमण घटेगा ।

बीजों को बिजाई से पूर्व पारायुक्त कवकनाशी (Organo Mercurial Fungicide) से उपचारित करने पर बीज जनित रोगों से फसल को मुक्त किया जा सकता है । एमीसान से बीजों का उपचार करने पर बकाने रोग के लक्षण प्रकट होने की संभावनाएं समाप्त हो जाती है अर्थात बीज द्वारा संक्रमण नहीं हो पाता तथा फसल रोग-मुक्त रहती है ।

संरक्षण:
  इस प्रकार के प्रबंध का उद्देश्य फसल को ऐसा वातावरण प्रदान करना है, जिससे रोगजनक पौधों पर संक्रमण न कर सकें । इसके लिए रसायनों का प्रयोग और पर्यावरणीय-चालक (Manipulation) जैसी व्यवस्था की जाती है जैसे हवा रोधकों आदि का उपयोग । कवकनाशी का प्रयोग भी दोनों के बीच ऐसा वातावरण पैदा करता है । अतः समय-समय पर विभिन्न कवकनाशियों के छिड़काव भुरकाव की आवश्यकता होती है, जिससे फसल को सुरक्षा प्राप्त होती रहती है । कवकनाशी वे रसायन है, जो कवक एवं जीवाणु द्वारा उत्पन्न रोगों के नियंत्रण हेतु प्रयोग किए जाते है । कुछ ही रसायन ऐसे हैं जो वाइरस संक्रमण से पौधों को संरक्षण देने में समर्थ हैं ।

रासायनिक पौध संरक्षक (कवकनाशी इत्यादि) भी सतह (Contact) एवं व्यवस्थित (Systematic) दोनों ही प्रकार से कार्य करते हैं । सतह संरक्षण में कवकनाशियों से बीज, पत्तियाँ एवं फल आदि को रोग से मुक्ति मिलती है, जबकि व्यवस्थित कवकनाशी परपोषी पौधे की शारीरिक क्रियाओं में प्रविष्ट होकर रोगजनकों (कवक एवं जीवाणु) के संक्रमण से पौधों की रक्षा करते है । इन कवकनाशियों को उनके रासायनिक गुणों के आधार पर भी जाना जाता है । मुख्यतः ये गंधक, तांबा, पारा, जैविक (Organic) तथा प्रति-जैविक (Antibiotic) आदि के ग्रुप में बाँटे जा सकता हैं ।

प्रतिरक्षीकरण (रोधन):

  पौधों में इस प्रकार की आंतरिक प्रतिरक्षा शक्ति उत्पन्न करना जिससे रोगजनक उन पर संक्रमण न कर सके, रोग नियंत्रण की प्रतिरक्षी विधि कहलाती है । वातावरण में रोग बीजाणु होने पर भी फसल के पौधों को प्रभावित न कर सके अर्थात पौधों में रोग-रोधिता की शक्ति उत्पन्न करना ही इस सिद्धांत का मूलमंत्र है । रोग रोधी किस्मों का विकास, ऐसा ही एक कदम है । जैसे एच.के.आर. १२० किस्म पर जीवाणुज़ पत्ती अंगमारी का संक्रमण नहीं होता, जबकि पी.आर. १०६ इस रोग से ग्रसित हो जाती है । ऐसी ही किस्म विक्रमार्या, जो टुग्रों वाइरस से प्रभावित नही होती । कलिता आदि (१९९६) ने आई.आर.५०,पी.टी.बी. १८ एवं साकेत ४ किस्मों में एक अंक माप के साथ टुंग्रो वाइरस के प्रति -रोधिता पायी । इस प्रकार मुख्य बीमारियों के प्रति बहुत सी प्रतिरोधी किस्मों का विकास कर लिया गया है । इस प्रकार की रोग निरोधकता, रोग उत्पन्न होने से पूर्व कवकनाशियों के द्वारा बीजोपचार, पौद उपचार आदि से भी प्राप्त की जा सकती है ।रासायनिक उपचार संरक्षण विधि में भी कवकनाशियों का प्रयोग करते हैं, जिनका अनुभव के आधार पर रोग की संभावनाओं के समय पर कवकनाशी द्वारा पौधों का रोगों से बचाव करते हैं, परन्तु प्रतिरक्षक विधि में रोग आक्रमण से पूर्व किया गया उपचार ही आता है ।